Museum ini menyimpan sekitar 860 koleksi yang meliputi historika, filologika, heraldika, etnografika, keramologika, dan teknologika. Masih ada koleksi-koleksi lain yang sedang dicari di berbagai tempat seperti Yogyakarta dan Jakarta yang belum dibeli.
Tata letak Museum Pendidikan mengikuti alur sejarah pendidikan di Indonesia, dari masa pra-aksara hingga zaman kemerdekaan, menampilkan koleksi dalam konteks yang sesuai.
Dengan luas 1.452 meter persegi, museum ini terbagi menjadi empat bagian utama: Masa Pra-Aksara, Masa Klasik, Masa Kolonial, dan Masa Kemerdekaan.
Pengunjung akan merasakan suasana sekolah zaman dahulu sejak masuk ke museum. Berbagai alat tulis, peralatan hitung, ijazah, dan dokumen penting dengan ejaan lama dipamerkan di sini.
Ada juga ruang kelas yang direplikasi untuk memberikan pengalaman autentik kepada pengunjung.
Dengan desain yang estetik dan instagramable, Museum Pendidikan Surabaya cocok untuk rekreasi sekaligus edukasi.
