Pertandingan dari babak pertama hingga 16 besar akan diadakan dengan sistem grouping, sedangkan dari 8 besar hingga final akan menggunakan sistem gugur. Setiap tim dijamin bermain sebanyak enam kali pada babak pertama, dan total pertandingan bagi tim yang mencapai final akan mencapai 15 kali.
Liga 3 Jawa Timur 2023 akan diberi nama resmi “Liga 3 Kapal Api,” dengan Kapal Api Group sebagai sponsor utama, dan tambahan sponsor dari produsen sarung Tenun Mangga.
Pertandingan akan dapat disaksikan oleh penonton, namun penonton atau suporter tim tamu tidak diperkenankan hadir sesuai ketentuan PSSI. Kompetisi ini diikuti oleh pemain kelahiran 1 Januari 2001 hingga 30 Desember 2005, serta tujuh pemain senior di mana lima di antaranya dapat masuk Daftar Susunan Pemain (DSP).
